​Bei der Bewertung der Lebensmittelsicherheit muss der Schwerpunkt auf der Identifizierung und dem Verständnis potenzieller Gefahren liegen. Forscher weltweit haben diese Gefahren in drei Haupttypen eingeteilt: biologische, physikalische und chemische. Unter diesen gelten biologische Gefahren als die bedeutendsten, insbesondere bei verarbeiteten Lebensmitteln. Bemühungen zur Beseitigung biologischer Risiken können jedoch manchmal zu erhöhten physikalischen und chemischen Gefahren führen, wenn sie nicht richtig gehandhabt werden. So werden verarbeiteten Lebensmitteln beispielsweise häufig chemische Konservierungsmittel zugesetzt, um mikrobiellen Gefahren vorzubeugen, aber ein übermäßiger oder falscher Einsatz dieser Konservierungsmittel kann neue chemische Risiken mit sich bringen. Daher hängt die Sicherheit verarbeiteter Lebensmittel eng mit den bei ihrer Verarbeitung verwendeten Methoden zusammen, wobei die gewählte Verarbeitungstechnik eine entscheidende Rolle bei der Bestimmung der Gesamtsicherheit der Lebensmittel spielt.